赤痢 の治療には対症療法と抗菌薬療法があります。
対症療法としては、強力な止瀉薬（下痢止め薬）は使用せずに、乳酸菌、ﾋﾞﾌｨｽﾞｽ菌などの 生菌整腸薬 を併用します。解熱剤は脱水を増悪させることがあり、またﾆｭｰｷﾉﾛﾝ薬と併用できない薬剤が多いので慎重に選択します。脱水が強い場合には、経口補水塩を使用します。
抗菌薬療法としては、成人ではﾆｭｰｷﾉﾛﾝ薬、適用のある小児には ﾉﾙﾌﾛｷｻｼﾝ（NLFX）、適応のない5歳未満の小児には ﾎｽﾎﾏｲｼﾝ（FOM）を選択し、常用量5日間の内服投与を行います。治療終了後48時間以降に、24時間以上の間隔で2～3回糞便の培養検査をし、2回連続で陰性であれば除菌されたとみなします。
赤痢の予防の基本は感染経路を遮断することにあります。上下水道の整備と個人の衛生観念の向上（特に手洗いの励行）は、経口感染症の予防の原点です。輸入例が大半を占めることから、汚染地域と考えられる国では生もの、生水、氷などは飲食しない事が重要です。国内では、小児や高齢者などの易感染者への感染を防ぐことが大切です。
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